Fachhochschulen wurden ursprünglich als reine Lehreinrichtungen konzipiert, so dass Forschung in den Hochschulgesetzen zunächst nicht vorgesehen war. Dies hat sich jedoch seit den 80er und 90er Jahren geändert. Inzwischen ist der Forschungsauftrag für Fachhochschulen in jedem Landeshochschulgesetz verankert. Hochschullehrer an Fachhochschulen haben nunmehr ihren jeweiligen Fachbereich in Forschung und Lehre zu vertreten.
Der Forschungsauftrag richtet sich, anders als an Universitäten nicht an jeden Professor, sondern an die Hochschule insgesamt. Die Professoren haben die Wahl, ihr volles Lehrdeputat (in den meisten Bundesländern 18 Semesterwochenstunden, SWS) zu erfüllen oder Forschungsprojekte einzuwerben und das Deputat entsprechend zu reduzieren.
Bis auf die vier neu ernannten technischen Hochschulen tragen alle staatlichen bayerischen Fachhochschulen den Namen „Hochschule für angewandte Wissenschaften“ (HAW). Seit einigen Jahren verwenden Fachhochschulen zusätzlich die englische Bezeichnung University of Applied Sciences oder nur University, Letzteres ist in Bayern ist nicht erlaubt.
In Deutschland besitzt nur eine „Universität“ oder eine dieser gleichgestellte Hochschule das Promotionsrecht als offensichtlichste Abgrenzung gegenüber Fachhochschulen. Die Hochschule Hof strebt aktuell ein eigenes Promotionsrecht an.
